Ministerstvo zdravotníctva Slovenskej republiky (MZ SR) je zodpovedné za zabezpečovanie úloh v oblasti prípravy zdravotníctva na krízové situácie, s tým, že kľúčovou hrozbou, za ktorú priamo zodpovedá, je hromadná nákaza osôb (epidémia). Rezort zdravotníctva zodpovedá aj za realizáciu opatrení hospodárskej mobilizácie, plnenie úloh civilnej ochrany, ochranu kritickej infraštruktúry, ako aj tvorbu mobilizačných rezerv na poskytovanie zdravotnej starostlivosti v krízových situáciách.

Hrozbami, s ktorými sa rezort zdravotníctva musí vysporiadať, sú hrozby vonkajšie (napr. celoplošný výpadok zásobovania sektoru kritickej infraštruktúry vodou, elektrinou, plynom; ohrozenie zabezpečenia zásobovania liekmi a zdravotníckymi pomôckami, ale tiež hrozby, ktoré by mohli viesť k narušeniu zabezpečenia poskytovania zdravotnej starostlivosti) ako aj hrozby vnútorné (napr. epidémia spôsobujúca výpadok väčšiny personálu z pracovného procesu, výpadok systému zásobovania krvou a transfúznymi liekmi a pod.).

Rezort zdravotníctva, konkrétne ÚVZ, v súvislosti s mapovaním rizík spravuje Epidemiologický informačný systém

(https://www.epis.sk/InformacnaCast/TrendyVyvoja.aspx), ktorého údaje sú  získavané na základe hlásení jednotlivých prípadov infekčných ochorení zdravotníckymi pracovníkmi a na základe ich aktívneho vyhľadávania epidemiológmi úradov verejného zdravotníctva v SR.

Strategickým rámcom v oblasti starostlivosti o zdravie pre roky 2014 až 2030 je Pandemický plán pre prípad pandémie v SR (https://www.health.gov.sk/?pandemicky-plan-pre-pripad-pandemie-v-sr)